Вся документация системного проекта разделена на 3 больших раздела, называемых "книгами".
Книга 1 является пояснительным и регламентирующим документом, обобщающим и обосновывающим наиболее важные системотехнические решения, на которые необходимо ориентироваться при развитии уже созданных компонент и создании новых компонент федерального сегмента Единой государственной информационной системы в сфере здравоохранения (ЕГИСЗ). Книга состоит из 11 разделов, содержащих анализ сложившейся ситуации в системе здравоохранения РФ, анализ положительных и отрицательных моментов, демонстрирующей актуальность создания ЕГИСЗ, непосредственно принципиальные системотехнические решения, которые следует учитывать при ее организации. Приводится необходимая нормативная, законодательная и иная регламентирующая информация. Актуальные сведения и рекомендуемые решения подробно рассмотрены, всесторонне проанализированы и изложены в виде текстового содержательного описания, а также приведены в форме лаконичных информационных таблиц, схем и графиков.
Книга 2 посвящена определению наиболее оптимальных решений по развитию прикладных информационных систем, входящих в состав федерального сегмента (ФС) ЕГИСЗ. Книга состоит из восьми разделов, в которых рассмотрен текущий состав ФС ЕГИСЗ и смежных систем, определены требования к информационным системам, входящим в ФС ЕГИСЗ и порядок их интеграции, предложены целесообразные системотехнические решения по развитию основных функциональных компонент ФС ЕГИСЗ
Книга 3 является пояснительным и регламентирующим документом, обобщающим и обосновывающим наиболее важные решения, на которые необходимо ориентироваться при создании ИТ инфраструктуры, на базе которой должны функционировать сервисы ЕГИСЗ. Книга состоит из 5 разделов, в которых рассмотрены обоснование и решения по предоставлению инфраструктурных мощностей ЦОД ЕГИСЗ для обеспечения работоспособности сервисов ЕГИСЗ с обеспечением катастрофоустойчивости, обоснование и решения по предоставлению телекоммуникационной инфраструктуры защищенных каналов связи между основной и резервной площадкой ЦОД ЕГИСЗ и узлами доступа субъектов Российской Федерации, а также описаны решения по организации системы управления эксплуатацией инфраструктуры ЕГИСЗ, по созданию системы мониторинга и управления ЦОД ЕГИСЗ и по предоставлению вычислительных мощностей и инфраструктуры для реализации сервиса обеспечения функции диспетчеризации санитарного автотранспорта.